La iglesia fue construida por francisco Xavier de Garaicoa, nombrado primer Obispo de Guayaquil, sirve como Iglesia Catedral durante más o menos cien años.

Pues, elevada a Ia categoría de Catedral el 29 de Enero de 1838, está en servicio hasta 1925, año en que empieza su demolición, si bien continuó prestando servicios mientras se construye Ia nueva Iglesia.

En junio de 1922, uno de los razonamientos que se hacen en Ia sesión que se celebra para formar el Comité Pro Reconstrucción de Ia nueva Catedral, se menciona expresamente el estado ruinoso en que se encuentra: ‘Viendo el estado ruinoso y el completo deterioro de Ia Catedral de esta ciudad, y bajo el prudente temor de un lamentable desastre, por ser toda íntegra construida de madera”.

Como se ve, en 1922, la Catedral de Guayaquil no solamente era muy antigua, sino que también amenazaba ruina.

Esta misma consideración se toma en cuenta en el folleto que se distribuye el día de Ia colocación de primera piedra: “La antigua y bella Catedral de Guayaquil ha sido y es todavía, uno de los mejores ornatos de nuestra ciudad: elegante, por su clásica arquitectura, vistosa por su bien ornamentada fachada, sublime por sus arrogantes fIechas.

La Iglesia Matriz se trasladó a Ia Ciudad Nueva en 1695, y su nueva edificación se inauguró el 2 de febrero del mismo año.

Antes habían tenido esa categoría Ias iglesias de Santo Domingo y ia Concepción, construidas en terrenos irregulares en Ias faldas del cerro Santa Ana, en Ia denominada Ciudad Vieja.

EI terreno llano permite aplicar el esquema del urbanismo colonial con Ia Plaza Mayor y Ia iglesia como centro y eje del desarrollo de Ia ciudad.

Esta iglesia se salvó de los saqueos piratas y de los incendios, pero no escapó del paso  del tiempo ya que, construida en madera, fue reconstruida en 1 822 (obra a cargo de Monseñor Francisco Xavier Garaicoa y Liaguno)En 1 870 se introdujo el reloj y se rediseñaron las torres.